Конституция РФ не предусматривает закрепления системы федеральных органов исполнительной власти в федеральном законе, и только в 1997 г. Федеральный конституционный закон "О Правительстве Российской Федерации" установил такое правило. Поэтому система устанавливалась указами Президента РФ.

 После избрания Президента (1996 г.) была установлена система федеральных органов исполнительной власти (Указы Президента РФ от 14 августа 1996 г. и от 6 сентября 1996 г.), включающая министерства РФ (федеральные министерства) и иные федеральные органы исполнительной власти: государственные комитеты РФ, федеральные комиссии России, федеральные службы России, российские агентства, федеральные надзоры России.

 Министерство Российской Федерации - федеральный орган исполнительной власти, проводящий государственную политику и осуществляющий управление в установленной сфере деятельности, а также координирующий в случаях, установленных законами, указами и постановлениями, деятельность в этой сфере иных федеральных органов исполнительной власти. Министерство возглавляет входящий в состав Правительства РФ министр Российской Федерации (федеральный министр).

 Государственный комитет РФ, федеральная комиссия России - федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие на коллегиальной основе межотраслевую координацию по вопросам, отнесенным к их ведению, а также функциональное регулирование в определенной сфере деятельности. Государственный комитет РФ, федеральную комиссию России возглавляют соответственно председатель Государственного комитета РФ и председатель федеральной комиссии России.

 Федеральная служба России, российское агентство, федеральный надзор России - федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие специальные (исполнительные, контрольные, разрешительные, регулирующие и другие) функции в установленных сферах ведения. Федеральную службу России возглавляет руководитель (директор) федеральной службы России, российское агентство - генеральный директор российского агентства, федеральный надзор России - начальник федерального надзора России.

 Создание федеральных органов исполнительной власти, их реорганизация и ликвидация осуществляются Президентом РФ по предложению Председателя Правительства РФ.

 Положения о федеральных органах исполнительной власти, подведомственных Президенту РФ по вопросам, закрепленным за ним Конституцией РФ и законами, утверждаются Президентом РФ, а о других федеральных органах исполнительной власти - Правительством РФ. Предельная численность и фонд оплаты труда работников центрального аппарата и территориальных органов федеральных органов исполнительной власти утверждаются Правительством РФ.

 Статусу каждого органа исполнительной власти соответствует порядок назначения его руководителей. Так, федеральные министры назначаются на должность и освобождаются от должности Президентом РФ по предложению Председателя Правительства РФ. Заместители федеральных министров назначаются на должность и освобождаются от должности Правительством РФ или в соответствии с законами.

 Назначение на должность и освобождение от должности руководителей федеральных органов исполнительной власти, кроме федеральных министров и руководителей органов, подведомственных Президенту РФ, осуществляются Правительством РФ.

 Руководители федеральных органов исполнительной власти, подведомственных Президенту РФ по вопросам, закрепленным за ним Конституцией РФ и законами, назначаются на должность и освобождаются от должности в особо устанавливаемом порядке.

 В зависимости от статуса того или иного органа законодательно определяются права его руководителей. При этом не допускается приравнивание должностных лиц к более высоким должностям в форме наделения правами по этим должностям или присвоения должностного ранга